Λόγω του αποκλεισμού των φρούτων, προκαλεί δυσκοιλιότητα.
Μπορεί να προκαλέσει πονοκεφάλους, κόπωση, αναγούλες, κακοσμία του στόματος. Αυτό συμβαίνει καθώς, λόγω της έλλειψης υδατανθράκων, ο οργανισμός χρησιμοποιεί τα λιπαρά οξέα ως πηγή ενέργειας και όχι τη γλυκόζη, με αποτέλεσμα να δημιουργείται κέτωση η οποία διαταράσσει τη χημική ισορροπία του οργανισμού.
Η έλλειψη υδατανθράκων έχει ως αποτέλεσμα τη διούρηση, που συνεπάγεται απώλεια υγρών από το σώμα.
Αυξάνει τη χοληστερόλη και τον κίνδυνο για καρδιαγγειακά νοσήματα. Σύμφωνα με πρόσφατες έρευνες, όσοι ακολούθησαν τη δίαιτα Atkins παρουσίασαν 25% υψηλότερα ποσοστά χοληστερόλης και κατά 50% καρδιαγγειακά νοσήματα.
Μια διατροφή με υψηλές πρωτεΐνες μπορεί να επιταχύνει την απώλεια της νεφρικής λειτουργίας, ιδιαίτερα αν πάσχεις από ήπια νεφρική ανεπάρκεια.
Αυξάνει την αρτηριακή πίεση λόγω της αυξημένης πρόσληψης νατρίου με τη μειωμένη πρόσληψη φυτικών ινών.
Μπορεί να δημιουργήσει ουρική αρθρίτιδα, αφού τροφές που χρησιμοποιούνται στη δίαιτα όπως το κρέας, τα θαλασσινά και το αβγό είναι πλούσια σε πουρίνες οι οποίες μεταβολίζονται σε ουρικό οξύ
